Le tube digestif du cheval est un organe creux, tubulaire, peuplé d’une population microbienne multiple et variée en ce qui concerne les nombreuses familles de bactéries : la « flore intestinale ». Ces différentes familles participent à la digestion des aliments. Elles vivent normalement en harmonie et en équilibre, en bloquant la multiplication des bactéries les plus dangereuses. Cependant, ces dernières peuvent réussir à se développer lorsque l’équilibre est rompu (changement de régime alimentaire, traitement médical, épisode de stress, parasitisme...). Dans les cas les plus sérieux, elles libèrent des toxines qui passent dans la circulation sanguine et provoquent une intoxication grave du cheval (« endotoxémie »), qui peut être mortelle.
Bactéries agressives, virus et parasites ont en commun d’être très irritants pour l’intestin. La paroi du tube digestif est alors fragilisée et devient perméable, rendant possible la fuite de l’eau qui hydrate l’intérieur du corps. Sortant en grande quantité, cette eau vient diluer les crottins : c’est la diarrhée.