Les formes aiguës de la piroplasmose sont les plus faciles à identifier. Le cheval présente une forte fièvre (souvent supérieure à 40°C), respire vite, ne mange plus et est abattu. Ses gencives et l’intérieur de ses paupières sont généralement pâles ou jaunâtres dans un premier temps, jaunes paille parfois ensuite, et montrent parfois de petites taches rouges (pétéchies). Les parties basses du corps peuvent être gonflées (œdèmes), et les crottins petits et secs ; de légers signes de coliques peuvent également être observés. Les urines sont souvent foncées, colorées par les dérivés de l’hémoglobine.
Les formes chroniques sont beaucoup moins caractéristiques, avec des signes plus discrets : manque d’appétit, baisse des performances et amaigrissement. Les membres gonflés peuvent exister dans les formes chroniques.